Postdoktorandské pobyty/Postdoctoral stays

Vnútorný predpis č. 2/2025, Úplné znenie Vnútorného predpisu č. 4/2024 Postdoktorandské pobyty na Univerzite Komenského v Bratislave v znení Dodatku č. 1, účinnosť - 30.1.2025

Projekt – Dátová analýza modulácie črevnej mikrobioty stravou a pohybom pri chronických ochoreniach

Hlavným cieľom projektu je skúmať, akým spôsobom pravidelná fyzická aktivita a nutričné intervencie ovplyvňujú zloženie a funkciu črevnej mikrobioty a ako tieto zmeny prispievajú k zlepšeniu metabolického zdravia, telesnej zdatnosti a kvality života. Výskum sa zameriava na zdravú populáciu, ako aj na pacientov s obezitou, roztrúsenou sklerózou a onkologickými ochoreniami. Využíva sa komplexný prístup zahŕňajúci metagenomické a metabolomické analýzy, klinické a psychometrické údaje, ako aj hodnotenie telesnej zdatnosti.

Vedúci projektu (garant): prof. RNDr. Viktor Bielik, PhD., viktor.bielikuniba.sk

Požadovaná kvalifikácia a skúsenosti
Nutné:

• Pokročilá znalosť R a/alebo Pythonu (napr. balíky phyloseq, vegan, lme4, MaAsLin2, ANCOM-BC)
• Skúsenosť s modelovaním longitudinálnych, viacrozmerných a hierarchických dát
• Schopnosť pracovať samostatne aj v tíme a efektívne komunikovať v anglickom jazyku (minimálne úroveň B2)
• Skúsenosť s vedeckým publikovaním a prezentovaním výsledkov na odborných konferenciách

Žiaduce:

• Skúsenosť s analýzou multi-omics dát, vizualizáciou (napr. PCoA, NMDS) či metódami strojového učenia
• Znalosť analýzy genomických údajov (napr. 16S rRNA sekvenovanie, celogenómové sekvenovanie)

Základné podmienky na postdoktorandské miesto: 

• postdoktorandom je absolvent tretieho stupňa vysokoškolského štúdia, ktorý ukončil štúdium a obhájil dizertačnú prácu na inej vysokej škole ako je UK, a to najmä na zahraničnej vysokej škole, najneskôr tri roky pred rozhodnutím o pridelení postdoktorandského pobytu, pričom nepresiahol vek 35 rokov
• začiatok postdoktorandského pobytu je od 1.10.2025 na jeden rok Informácie o postdoktorandských pobytoch nájdu uchádzači na webstránke: https://www.uniba.sk/veda/postdoktorandske-pobyty/
• zber prihlášok uchádzačov o postdoktorandské pobyty 2025/2026 je do 23.6.2025
• Prihlášky zašlite na adresu s označením „Výberové konanie“
  Univerzita Komenského v Bratislave, Fakulta Telesnej Výchovy a Športu
  Nábr. arm. gen. L. Svobodu 9 814 69 Bratislava

V prihláške uveďte svoju e-mailovú adresu. K prihláške je potrebné priložiť nasledovné doklady: pracovný životopis, doklady preukazujúce plnenie kvalifikačných predpokladov, zoznam publikačnej činnosti a ohlasov na ňu a zoznam pedagogických a výskumných aktivít.

Project - Postdoc in Data Analysis of Gut Microbiota Modulation by Diet and Exercise in Chronic Disease

The main aim of the project is to investigate how regular physical activity and nutritional interventions influence the composition and function of the gut microbiota, and how these changes contribute to improvements in metabolic health, physical fitness, and quality of life. The research focuses on both healthy individuals and patients with obesity, multiple sclerosis, and oncological diseases. A comprehensive approach is used, including metagenomic and metabolomic analyses, clinical and psychometric data, as well as physical fitness assessments.

Project supervisor: Prof. RNDr. Viktor Bielik, PhD., viktor.bielikuniba.sk

Required Qualifications and Experience
Essential: 

• Advanced knowledge of R and/or Python (e.g., packages such as phyloseq, vegan, lme4, MaAsLin2, ANCOM-BC)
• Experience in modeling longitudinal, multivariate, and hierarchical data
• Ability to work independently and as part of a team, with effective communication in English (minimum B2 level)
• Experience with scientific publishing and presenting results at professional conferences

Desirable: 

• Experience with multi-omics data analysis, visualization (e.g., PCoA, NMDS), or machine learning methods
• Knowledge of genomic data analysis (e.g., 16S rRNA sequencing, whole genome sequencing)

Basic Conditions for the Postdoctoral Position:

The applicant must be a graduate of third-level higher education (PhD or equivalent), who completed and defended their dissertation at a different university than Comenius University, preferably abroad, no more than three years prior to the decision on awarding the postdoctoral stay, and must not be older than 35 years.

The postdoctoral stay will start on October 1, 2025, and will last one year.

Information about postdoctoral stays can be found at: https://www.uniba.sk/veda/postdoktorandske-pobyty/

Application deadline for postdoctoral stays 2025/2026 is June 23, 2025.

Applications must be sent with the label “Výberové konanie” (Selection Procedure) to: Comenius University in Bratislava Faculty of Physical Education and Sport
Nábr. arm. gen. L. Svobodu 9, 814 69 Bratislava

Please include your email address in the application.

The application must include the following documents: 

• Curriculum Vitae
• Documents confirming the fulfillment of qualification requirements
• List of publications and citations
• List of teaching and research activities

Projekt – Celoživotná telesná aktivita a zdravé starnutie: bioinformatická analýza v cirkadiánnom a pohlavnom kontexte

Projekt sa zameriava na aplikáciu moderných bioinformatických a štatistických metód s cieľom odhaliť súvislosti a vzorce medzi fyziologickými, metabolickými a morfologickými údajmi získanými z rôznorodých výskumných skupín. Cieľom je určiť kľúčové faktory ovplyvňujúce úbytok svalovej hmoty a sily počas starnutia, identifikovať biomarkery progresie sarkopénie, a skúmať interakcie medzi fyzickou zdatnosťou, pohlavím, telesným zložením a svalovými zmenami. Výsledky týchto analýz budú využité na tvorbu prediktívnych modelov, ktoré pomôžu lepšie porozumieť dynamike svalového starnutia a jeho individuálnym variáciám.

Vedúci projektu (garant): doc. Mgr. Milan Sedliak, PhD. milan.sedliakuniba.sk

Požadovaná kvalifikácia a skúsenosti
ukončené PhD. štúdium (alebo ekvivalent) v odbore súvisiacom s témou projektu
Uchádzač by mal mať :

• Vzdelanie v odbore: biomedicína, bioinformatika, štatistika, športová veda, fyziológia, klinická fyziológia, biológia človeka, alebo príbuzné vedné odbory.
• Znalosť fyziológie starnutia a procesov súvisiacich so sarkopéniou, svalovou degradáciou, energetickou dostupnosťou a metabolizmom.
• Skúsenosti s prácou so štatistickým a bioinformatickým softvérom (napr. R, Python, SPSS, MATLAB, JASP, GraphPad, alebo iné relevantné nástroje).
• Znalosť exploratívnych štatistických metód ako PCA, korelačné matice.
• Schopnosť aplikovať klasifikačné a regresné algoritmy: Lasso, Random Forest, XGBoost.
• Základy strojového učenia a analýzy nelineárnych vzorcov a klasifikačných premenných.
• Skúsenosť so zhukovou analýzou a tvorbou fenotypových skupín.
• Znalosť práce s dátovými rámcami, čistením a predspracovaním údajov z komplexných databáz (longitudinálne, prierezové štúdie).

Výhodou (nie podmienkou)

• Skúsenosti s vývojom analytického alebo vizualizačného softvéru (napr. pre imunohistochemické analýzy).
• Predchádzajúca práca s longitudinálnymi alebo športovo zameranými databázami.
• Znalosť práce s open-source dátovými knižnicami pre vizualizáciu výsledkov (napr. Seaborn, ggplot2)

Základné podmienky na postdoktorandské miesto: 

• postdoktorandom je absolvent tretieho stupňa vysokoškolského štúdia, ktorý ukončil štúdium a obhájil dizertačnú prácu na inej vysokej škole ako je UK, a to najmä na zahraničnej vysokej škole, najneskôr tri roky pred rozhodnutím o pridelení postdoktorandského pobytu, pričom nepresiahol vek 35 rokov
• začiatok postdoktorandského pobytu je od 1.10.2025 na jeden rok Informácie o postdoktorandských pobytoch nájdu uchádzači na webstránke: https://www.uniba.sk/veda/postdoktorandske-pobyty/
• zber prihlášok uchádzačov o postdoktorandské pobyty 2025/2026 je do 23.6.2025
• Prihlášky zašlite na adresu s označením „Výberové konanie“
  Univerzita Komenského v Bratislave, Fakulta Telesnej Výchovy a Športu
  Nábr. arm. gen. L. Svobodu 9 814 69 Bratislava

V prihláške uveďte svoju e-mailovú adresu. K prihláške je potrebné priložiť nasledovné doklady: pracovný životopis, doklady preukazujúce plnenie kvalifikačných predpokladov, zoznam publikačnej činnosti a ohlasov na ňu a zoznam pedagogických a výskumných aktivít.

Project Title: Lifelong Physical Activity and Healthy Aging: Bioinformatic Analysis in the Circadian and Sex-Specific Context

The project focuses on the application of modern bioinformatic and statistical methods to uncover patterns and associations between physiological, metabolic, and morphological data obtained from diverse research groups. The aim is to identify key factors influencing the loss of muscle mass and strength during aging, determine biomarkers of sarcopenia progression, and explore interactions between physical fitness, sex, body composition, and muscle changes. The results of these analyses will be used to develop predictive models to better understand the dynamics of muscular aging and its individual variations.

Project Supervisor: Assoc. Prof. Milan Sedliak, PhD milan.sedliakuniba.sk 

Required Qualifications and Experience:
Completed PhD degree (or equivalent) in a field related to the project topic.
The candidate should have: 

• Education in biomedicine, bioinformatics, statistics, sport science, physiology, clinical physiology, human biology, or a related scientific field
• Knowledge of the physiology of aging, processes related to sarcopenia, muscle degradation, energy availability, and metabolism
• Experience with statistical and bioinformatic software (e.g., R, Python, SPSS, MATLAB, JASP, GraphPad, or other relevant tools)
• Understanding of exploratory statistical methods such as PCA, correlation matrices
• Ability to apply classification and regression algorithms: Lasso, Random Forest, XGBoost
• Basic knowledge of machine learning and nonlinear pattern analysis
• Experience with cluster analysis and creating phenotypic groups
• Skills in data handling, cleaning, and preprocessing from complex databases (both longitudinal and cross-sectional studies)

Preferred (not required): 

• Experience with developing analytical or visualization software (e.g., for immunohistochemical analysis)
• Previous work with longitudinal or sport-specific databases
• Familiarity with open-source visualization libraries (e.g., Seaborn, ggplot2)

Basic Conditions for the Postdoctoral Position:

The applicant must be a graduate of third-level higher education (PhD or equivalent), who completed and defended their dissertation at a different university than Comenius University, preferably abroad, no more than three years prior to the decision on awarding the postdoctoral stay, and must not be older than 35 years.

The postdoctoral stay will start on October 1, 2025, and will last one year.

Information about postdoctoral stays can be found at: https://www.uniba.sk/veda/postdoktorandske-pobyty/

Application deadline for postdoctoral stays 2025/2026 is June 23, 2025.

Applications must be sent with the label “Výberové konanie” (Selection Procedure) to: Comenius University in Bratislava Faculty of Physical Education and Sport
Nábr. arm. gen. L. Svobodu 9, 814 69 Bratislava

Please include your email address in the application.

The application must include the following documents: 

• Curriculum Vitae
• Documents confirming the fulfillment of qualification requirements
• List of publications and citations
• List of teaching and research activities

Zodpovedný riešiteľ: prof. RNDr. Viktor Bielik, PhD.

Názov projektu: Účinok telesného cvičenia a výživy na črevný mikrobióm a kvalitu života pacientov s obezitou

Zodpovedný riešiteľ: doc. Mgr. Miroslav Vavák, PhD.

Názov projektu: Faktory ovplyvňujúce rozhodnutie priamych divákov navštíviť atletické podujatia na Slovensku

Zber prihlášok: 1. apríla – 11. apríla 2025

• Harmonogram
• Podmienky, informácie a hodnotiace kritériá Grantu postdoktoranda